Curiosamente perdeu o título em 1994 para o Comercial em sua única decisão após empate sem gols no Aral Moreira e derrota na capital por 2 a 1.
Após o vice-campeonato, foi o representante do estado na Copa do Brasil de 1995. Na 1ª fase, encarou o Internacional e perdeu os dois jogos por 2 a 0 e 5 a 0.
No Estadual de 95, liderou o seu grupo na 1ª fase da competição mas na segunda fase ficou em penúltimo. Esta foi sua última participação na Série A.
Depois na cidade surgiu o Ponta Porã, clube que foi campeão da Série B em 2010 e participou da Série A em algumas edições. Assim como em Nova Andradina, de fato a cidade tem dois clubes diferentes.
Em 2015, a Pontaporanense voltou ao futebol profissional disputando a Série B mas não passou da 1ª fase. Em 2019 com o comando de João Francisco Marçal, foi campeão incontestável.
Em quatro jogos, três vitórias e um empate tendo o melhor ataque, melhor defesa e o artilheiro da competição Coruja.
Embora vários jogadores deixaram o clube após a disputa, o time manterá alguns atletas que se unirão a outros do estado e do interior paulista.
João Francisco Marçal continua o trabalho e este será seu quarto clube na Série A. Em 2005, foi vice-campeão pelo Operário. Marçal ainda comandou o Misto e o Novoperário em duas oportunidades.
O verdão estreia na competição diante do campeão Estadual Águia Negra dia 22 ainda sem local definido. Depois vai a capital encarar o Operário. A estreia diante do seu torcedor será dia 05 de fevereiro contra o Costa Rica.
